Музеят е изграден непосредствено над главната улица (кардо максимус) на античния град Августа Траяна и е изцяло "потопен" в автентична археологическа среда. Това налага характерната отвореност и преплитане на пространствата. Археологията отвън преминава в пространството на открития лапидариум. В административната част са разположени хранилища, работни кабинети, лаборатории, работилници, библиотека, лекционна зала и др. Комплексът е проектиран съгласно всички изисквания за достъпна архитектурна среда.
